Le sustituyó Javier Clemente, quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club. Su primera construcción data de 1909 en el terreno que hoy ocupa la Iglesia de las Esclavas, a escasos metros de su actual ubicación. Contaría con la baja de dos de sus puntales en temporadas anteriores: Asier del Horno, traspasado al Chelsea F. C., y Santi Ezquerro, que finalizaría contrato y firmaría con el F. C. Barcelona. Neymar, de 30 años, se ha convertido en un posible objetivo de verano para el Chelsea. El Athletic logró finalmente su objetivo de clasificarse para la Europa League, alcanzando la sexta posición con 58 puntos, los mismos que el Sevilla F. C. (quinto) y el Atlético de Madrid (séptimo). En la temporada 2010-11 el equipo continuó su progresión de forma ascendente, y las jóvenes promesas ya comenzaron a hacerse un hueco dentro del equipo titular, compitiendo con las recién emergidas esa temporada; Borja Ekiza, Jon Aurtenetxe, Ibai Gómez e Igor Martínez, unas con más éxito que otras.
Mantuvo su lugar en el equipo durante el resto de la temporada, manteniendo cuatro partidos sin recibir gol de cinco posibles en las últimas cinco jornadas, ya que Mönchengladbach evitó el descenso a través de los playoffs. Así, el Athletic alcanzó la final de la Copa del Rey y, posteriormente, se clasificó para disputar una final europea tras treinta y cinco años sin hacerlo, eliminando a equipos como el Paris Saint-Germain, Lokomotiv, Manchester United, Schalke 04 y Sporting de Portugal, entre otros. Originally, the quarter-finals match was scheduled to be played with the first leg at Camp Nou and the second leg at Old Trafford, but the order of the two legs was reversed to avoid Manchester United and Manchester City from playing home on the same night or on consecutive nights. También es muy común que la afición se reúna en masa para apoyar al equipo antes de un partido de gran transcendencia, como en los octavos de final de la Europa League frente al Manchester United (2012) o en la semifinal de Copa del Rey frente al Sevilla F. C. (2009), entre otras, cuando una masa de miles de aficionados esperaron a la salida del hotel donde estaban concentrados los jugadores para animar al equipo en su salida en autobús hacia el estadio.
Estas dos temporadas fueron recordadas por los propios aficionados como el «bienio negro». El Nápoles se ubicó en la segunda ubicación, a tres puntos del puntero, y Maradona se consagró como goleador con 15 tantos. Ralf Rangnick, en su papel como entrenador interino en el United durante la segunda mitad de la temporada pasada, dijo que la incorporación de un goleador probado al equipo este verano debería ser un área clave de contratación debido a la salida de Edinson Cavani y los riesgos de confiar en Cristiano Ronaldo, de 37 años, para el grueso de los goles del equipo. En la segunda vuelta, las derrotas en el Santiago Bernabéu y en el Camp Nou no dejaron que el Dépor se distanciase de sus rivales. Anteriormente ya llevó publicidad institucional de «Euskadi» en la Copa de la UEFA 2004-05 y «Bizkaia» en las camisetas del equipo femenino y las categorías inferiores. Para la temporada 2006-07 se confió en el entrenador del filial, Félix Sarriugarte. Finalmente el Athletic concluyó la liga 9.º y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva.
Para sustituir a Ernesto Valverde en el banquillo, la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, el cual fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). En el mercado de invierno Gaizka Toquero se incorporó al equipo proveniente de la S. D. Eibar, de Segunda División, club en el que estuvo cedido desde que el Athletic acometiera su fichaje meses atrás. Antes de eso, el presidente Fernando Lamikiz, había dimitido tras la fuerte pitada que recibió al término de un partido de Liga. Pero el técnico vasco fue cesado antes de comenzar la nueva pretemporada, debido a una mala relación con el presidente Fernando Lamikiz. 25 en la copa libertadores quedaría en el grupo 1 con el Palmeiras el actual campeón de la copa, con el cuadro eléctrico de emelec y Campeón boliviano el independiente petrolero, el cuadro dirigido por el llegado técnico español Álex palláres Arrancaría el torneo local con una victoria sobre el Estudiantes de Mérida por 1-2 de visitante pero en copa debutaría con una Goleada en contra 0-4 ante el campeón de América el conjunto brasileño, el equipo no mostraría un solo cuadro titular Y Rotaria varias veces la plantilla durante las primeras fechas.
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