A partir de 2005, el Athletic entraría en una época de crisis institucional y deportiva, que casi hacen descender al club. En esta época fue cuando lo llamaron por primera vez a la Selección de Ucrania. Le sustituyó Javier Clemente, quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. Un suceso que corrobora este hecho, fue cuando el por entonces entrenador del Athletic, Ferdinand Daučík, presenció un partido entre alumnos de la Universidad de Deusto y la facultad de económicas; entre ellos jugaba Miguel Jones, un talentoso jugador de nacionalidad española y de raza negra al que Daučík intentó fichar para el Athletic, pero el club rojiblanco desestimó su fichaje por no ser originario de Vizcaya. Tras el partido se realizó un sencillo acto de homenaje al estadio, que aún fue testigo de otros dos encuentros más antes de su cierre y posterior demolición; el domingo 2 de junio el Bilbao Athletic disputó el play-off de ascenso a Segunda División, mientras que el día 5 del mismo mes tuvo lugar el partido de homenaje a San Mamés, que enfrentó al Athletic contra la selección de Vizcaya.
Así, el Athletic alcanzó la final de la Copa del Rey y, posteriormente, se clasificó para disputar una final europea tras treinta y cinco años sin hacerlo, eliminando a equipos como el Paris Saint-Germain, Lokomotiv, Manchester United, Schalke 04 y Sporting de Portugal, entre otros. En octavos de final el Cruz Azul enfrentó a Deportivo Cali de Colombia, terminando la serie 0-0 en el global, pero en los penales la máquina se impuso 2-3, donde Palencia anotó el primero de su equipo. ↑ Además finalizó primero en 1942, 1964 y 1967; ediciones en las que no se definió un campeón al quedar empatado en la primera posición con Peñarol. Parecía que estaba prácticamente hecho», dijo el jueves el defensa Carvajal a Diario AS. «Se le estaba acabando el contrato, pero al final decidió quedarse. Al final están los siente del tirón. En el verano de 2011, se celebraron elecciones a la presidencia del club, de las cuales salió vencedor Josu Urrutia.
Ese mismo verano también llegó al Athletic el prometedor centrocampista Ander Herrera, proveniente del Real Zaragoza, a quien el Athletic llevaba años intentando fichar. En el verano de 2007 se volvieron a celebrar elecciones anticipadas, cuyo vencedor fue Fernando García Macua. A pesar de que Andreas Christensen llegó en una transferencia gratuita del Chelsea este verano, y Eric García también está en el equipo, según los informes, Xavi sueña con una asociación defensiva compuesta por Kounde y Ronald Araujo. Los futbolistas que más partidos oficiales han disputado en el F. C. Barcelona son: Lionel Messi, Xavi Hernandez, Andrés Iniesta, Sergio Busquets, Gerard Piqué y Carles Puyol . Días después San Mamés comenzó a ser derribado tras 100 años de actividad y 1741 partidos oficiales disputados. El acuerdo tuvo complicaciones después de la decisión de Malacia de cambiar de agente, pero las fuentes le dijeron a ESPN que el problema ya se resolvió y que la transferencia debería completarse en los próximos días.