Dicha equipación fue calificada como «transgresora» desde el club, camiseta olympique de lyon que sustituiría al tradicional color azul o morado utilizado por el equipo durante su historia. Durante estos tres años, el club pasa de competir en Champions hasta finalmente descender a Segunda División. Tres madridistas y tres pericos saben lo que es vestir la camiseta contraria a la que defenderán en Cornellà. Allá por la jornada 27 el Villarreal estaba sexto a sólo tres puntos del Sevilla FC, mientras que en la UEFA el Villarreal pierde en la ida (1-3) en El Madrigal ante el Sevilla. El Villarreal venció en el Astana Arena por (0-3) y en El Madrigal por (4-0),consiguiendo el pase a la fase de grupos de la UEFA Europa League. En la segunda vuelta de Liga, el Villarreal sufrió un bajón debido al esfuerzo de jugar UEFA Europa League. En la previa de la UEFA Europa League el equipo vence a los kazajos del Astana Futbol Kluby por un 7-0 en el global de la eliminatoria.
En la Copa del Rey el Villarreal fue eliminado por el FC Barcelona en semifinales, mientras que en la liga el club mantuvo el sexto puesto que da al equipo el pasaporte para jugar la UEFA Europa League. En esa temporada el Villarreal acabó 8.º en liga y alcanzó las semifinales de la UEFA, perdiendo la eliminatoria ante su vecino y finalmente campeón Valencia C.F.. Villarreal (como campeón regional) pierde la eliminatoria directa de ascenso a Segunda División ante el Cartagena C.F.. Al término de la temporada el equipo acaba en 5ª posición, con Joseba Llorente (incorporación del club para esta temporada), como máximo goleador del equipo con 17 tantos.
El delantero pasaba por ser el máximo goleador del Leganés, anclado en la parte baja de la tabla, con seis goles en Liga. El centrocampista Christian Rivera, quien sumó 5 partidos de Liga y 2 de Copa con el CD Leganés, abandona el club madrileño, donde jugaba como cedido por la UD Las Palmas, y firma también a préstamo con el Girona FC. 2004/05. Se incorporan nombres como el defensa argentino Gonzalo Rodríguez y el delantero uruguayo Diego Forlán. El argentino no es el único que está enfurruñado. El mando volvió a ser de los visitantes, y Leo Messi fue el que más intentó, camiseta barça 2020 pero sin suerte.
↑ «Traté de ser una buena influencia para Messi». ↑ «Ya tiene su casaca». ↑ Solé, S.; Cubero, C. (20 de diciembre de 2005). «Ronaldinho, el indiscutible número uno del planeta» (PDF). ↑ Llamas, Fernando (14 de mayo de 2005). «Samuel Eto’o sentencia la Liga». ↑ Reuters (28 de noviembre de 2005). «Ronaldinho gana el Balón de Oro». ↑ Agencia EFE (23 de julio de 2008). «La compra del año». ↑ Marchetti, Pierpaolo (18 de julio de 2008). «Ronaldinho desata la locura» (PDF). ↑ «Messi gana el recién inaugurado Premio al Mejor Jugador de Europa de la UEFA.». Tevez: «Carlos es jugador del club, tiene un gran trayectoria, es ídolo y tiene contrato. Le tengo el mayor de los respetos. Todavía no tuve el tiempo para hablar con él».
Al año siguiente, se incorpora al club el jugador Juan Román Riquelme, que empieza a marcar un nuevo rumbo en la historia del equipo. Dicha anécdota se produjo en el partido final del Torneo de París celebrado en el período estival en honor del Racing Club de París. Desde los máximos goleadores a los que han debutado mas pronto, junto con los que mas títulos han ganado, los que mas partidos han disputado y los fichajes mas caros del club. El nuevo técnico fue Julio Velázquez, y para volver a Primera el club cuenta con el regreso de Uche y los fichajes de Mellberg, Cavenaghi y «el rifle» Pandiani. Desde la década de 1940, la indumentaria del club se ha caracterizado por el color amarillo de su camiseta, y el equipo es conocido popularmente bajo el apodo de Submarino Amarillo o Submarí Groguet (en valenciano).