Sin embargo, la euforia de los aficionados indálicos pronto se convierte en preocupación al saltar la noticia de que el expresidente Alfonso García decide no renovar al entrenador Javi Gracia tras conseguir el ascenso con el club rojiblanco. Almería. El día 11 de junio de 2012 el club indálico anuncia que Javi Gracia sería el nuevo entrenador para la temporada 2012-13. También se anuncian durante los días de mercado de verano y de invierno la llegada de importantes futbolistas como Iago Falqué, Aleix Vidal, Javier Casquero, o el delantero Charles Dias, quien a la postre terminaría convirtiéndose en el máximo goleador de Segunda División en esa temporada y en una pieza absolutamente clave para el equipo. La temporada comenzó mal, con pésimos números, el equipo llegó a estar colista, y sin mostrar signos de mejora, el expresidente Alfonso García decide destituir a Fernando Soriano en la jornada 27, haciéndose cargo del equipo como entrenador interino el técnico del filial Fran Fernández durante dos partidos, (CD Lugo 1-2 U.D. Nuevamente se recurre al técnico del filial Fran Fernández para que se haga cargo del equipo, aunque en está ocasión de forma fija hasta final de temporada, la cual logra salvar no sin apuros, consiguiendo una sufrida permanencia en la última jornada en el Anxo Carro tras el empatar 1-1 contra el CD Lugo.
Comenzó la temporada, y lo hizo de manera floja, ya que no consiguió la primera victoria hasta la quinta jornada contra el Real Zaragoza, sin embargo, a partir de esa victoria, el conjunto indálico no dejó de crecer y progresar hasta convertirse en unos de los equipos más eficaces y trabajados de la categoría, llegando a estar incluso más de cuatro meses sin encajar una derrota fuera de casa, mostrando una gran competitividad y garra, algo que los seguidores almeriensistas echaban de menos. Debutó oficialmente con el conjunto sevillano el 4 de octubre de 1992, en partido correspondiente a la quinta fecha de Liga. Tras esta victoria su equipo mantuvo un rendimiento regular, que incluso le permitió ser líder en la octava y décimo primera fecha del calcio. Tras el despido de Francisco Rodríguez toma el mando del primer equipo como entrenador interino Miguel Rivera Mora, quien dirige un único encuentro, tras el cual llega el entrenador Juan Ignacio Martínez que dirige al equipo durante 14 jornadas antes de ser también destituido para contratar al técnico barcelonés Sergi Barjuan, el cual a pesar de unos más que buenos nueve últimos partidos y un notable trabajo, no consigue la permanencia y se confirma el descenso de la U.D.
Pocos días después se hacía oficial que Fernando Soriano sería el entrenador para la siguiente temporada, la 2016-17, tal decisión trajo consigo, por petición del propio Soriano, la vuelta de algunos exjugadores del Almería como Trujillo y Corona, que junto a las llegadas de futbolistas como Fidel y Nano generarían un problema en el equipo. El 2 de agosto de 2019 se hace oficial la compra del club por parte del ministro árabe Turki Al-Sheikh por 20 millones de euros, pasando a ser el máximo accionista, dueño y presidente del club indálico. Por su parte, el entrenador Óscar Fernández decidió no continuar al cargo del equipo a pesar de la mejora en el contrato ofrecida por los nuevos propietarios del club. Esta decisión es ampliamente protestada y criticada por la afición almeriensista, que muestra su descontento con el expresidentne Alfonso García en los encuentros posteriores al cese del técnico almeriense, mostrándose incluso pancarta de apoyo al entrenador desde el sector de Grada Joven.
Tras esto, el hoy expresidente Alfonso García toma la decisión de hacer entrenador de la U.D. Almería. Tras su destitución se contrata a Joan Carrillo como nuevo entrenador. Almería al almeriense y hasta el momento entrenador del filial Francisco Rodríguez Vílchez, el que es unos de los jugadores más reconocibles e importantes de la historia del Almería, además de ser el 5º máximo goleador histórico del conjunto almeriensista. Este hecho lleva al equipo rojiblanco a no lograr la victoria durante las primeras 10 jornadas de liga, sin embargo, Francisco Rodríguez es capaz de enderezar la situación y finalmente logra la permanencia más épica de la historia del club, siendo calificada por algunos medios de comunicación como «salvación milagrosa». La segunda temporada con el técnico almeriense Francisco Rodríguez al mando del conjunto almeriensista comienza sin apenas cambios respecto al agónico año anterior. La siguiente temporada supuso cambios importantes en la U.D. La noche amarilla es una celebración que realiza la directiva del club anualmente, esto con el fin de presentar a la hinchada tanto el nuevo equipo que se utilizará en el año en curso como la plantilla de jugadores de la temporada. Después de iniciar sesión, podrás ver una lista de todos los vídeos en directo relacionados con los partidos que se están disputando en ese momento.
Además, el club rojiblanco logra vender a Darwin Núñez al Benfica por 24 millones de euros, convirtiéndose esta en la venta más cara de la historia del club indálico, segunda equipacion barcelona de la historia de la Segunda División de España y de la historia de la Primera División de Portugal. El club se desvincula de hasta 12 jugadores, no renovando la cesión de 8 futbolistas y rescindiendo el contrato de otros 4 más, logrando deshacerse de ese modo de jugadores de muy bajo nivel como David Costas, equipacion barcelona 2024 quien con múltiples errores de bulto había lastrado las posibilidades del Almería en su lucha por el ascenso a Primera División en la temporada anterior.
