En su primer partido por la temporada regular de la Bundesliga, el 25 de agosto de 2012, volvió a anotar en la victoria 3-0 ante el recientemente ascendido Greuther Fürth. Tres días después marca su primer gol en la Liga de Campeones desde el punto de penalti en una victoria por 0-1 ante el LOSC Lille Métropole. La teoría que Joan Gamper se inspiró directamente en los colores de su antiguo equipo suizo a la hora de escoger los del Barça es una de las más razonables y fundadas, camiseta del barcelona pero aun así no hay ninguna prueba documental que lo avale y por otro lado debe cohabitar con muchas más.
En julio de 2014 el Manchester United F. C. pagó la cláusula de 36 millones de Ander Herrera, y el Athletic perdió a uno de sus jugadores más importantes. Ander Iturraspe y Mikel Rico se incorporaron al RCD Espanyol y S. D. Huesca respectivamente. La junta puso al frente del banquillo al entrenador del filial, Gaizka Garitano, que debutó con victoria en la vuelta de los dieciseisavos de final de la Copa del Rey contra la S. D. Huesca (0-4). El técnico vizcaíno decidió apostar por un bloque sólido en defensa y colocar en punta de ataque al veloz Iñaki Williams, algo que dio rédito desde el primer momento. Garitano consiguió sumar 42 puntos en solo 24 jornadas, acabando la liga con 53 y firmando así una de las mayores remontadas clasificatorias en la historia del club tras un cambio de entrenador. En la temporada 2020-21 el equipo se estancó casi desde el principio, y Garitano comenzó a recibir fuertes críticas por parte de la afición, que pedían su destitución.
La temporada 2017-18 supuso un retroceso para el equipo, pasando de luchar por Europa a la zona baja de la clasificación, que hizo rememorar los tiempos del bienio negro. De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, tras la marcha de Ernesto Valverde al FC Barcelona. A pesar de ello la junta directiva se mostró firme y siguió apostando por él hasta que, a finales de diciembre, tras una derrota ante la Real Sociedad en San Mamés, el presidente Aitor Elizegi cesó al entrenador y puso en su lugar a Marcelino García Toral. La escalada fue constante y a mediados de abril llegó a alcanzar el séptimo puesto de la clasificación, sin embargo, tras un decepcionante partido en la última jornada ante el Sevilla, el equipo cayó al octavo lugar de la clasificación y se quedó fuera de Europa. Aunque en un principio el Barcelona aceptó el partido, luego les confirmó a los italianos que Maradona no podía asistir porque estaba «enfermo», aunque en realidad querían evitar una posible lesión, que se había vuelto un problema constante para Diego en el club español.
En la Liga 2014-15 se realizó una primera vuelta muy pobre, logrando solo 19 puntos. Fue la primera vez que se daba una final entre clubes vascos desde 1927, cuando se enfrentaron el Real Unión y el Arenas de Getxo. Esta situación se invirtió en la vuelta, donde el Athletic consiguió 36 puntos, su mejor marca en una segunda vuelta desde que la Liga tiene 20 equipos. En la Europa League se solventaron correctamente las eliminatorias previas, pero en la fase de grupos el Athletic sufrió en exceso para clasificarse en un grupo especialmente asequible. Ya en la fase de grupos, le tocó enfrentarse al F. C. Oporto, al Shakhtar Donetsk y al BATE Borísov, un grupo que se presumía relativamente asequible; sin embargo, el Athletic, evidenciando su bajón respecto a la anterior temporada, no realizó una buena actuación y quedó tercero en la liguilla. En cuanto a la Copa, los de Valverde lograron llegar hasta cuartos de final, donde no fueron capaces de superar a un Atlético de Madrid inconmensurable, que realizó una temporada soberbia, alzándose con el título de Liga. El equipo acusó notablemente esta baja durante la siguiente temporada.
Durante la campaña los rojiblancos lograron alcanzar por segunda vez consecutiva la final de la Copa del Rey, que nuevamente le tocó disputar contra el equipo catalán. De esta Liga destaca también la victoria ante el F. C. Barcelona en el nuevo San Mamés (1-0), cosa que no ocurría desde la campaña 2005-06, con Clemente en el banquillo. Destacaron las cinco victorias consecutivas conseguidas en esta segunda vuelta, incluida la victoria ante el Real Madrid C. F. en San Mamés por 1-0, con un golazo de cabeza de Aritz Aduriz. A pesar de no conseguir un buen resultado con la selección en la Copa Mundial sub-20, Pato regresó al Internacional y ese mismo año se consagró campeón de la Recopa Sudamericana, marcando un tanto en la victoria final de su equipo por 4-0 sobre el Pachuca de México. Para la celebración, hubo fuegos artificiales y gran recibimiento de una ciudad volcada con sus jugadores: unas 10.000 personas colapsaron La Victoria. ↑ «Marcelino: «Ha llegado el momento de dar un paso al lado y cerrar una bonita historia»». ↑ «El empresario Carlos González compra el Córdoba». ↑ «El Almería Femenino jugará en la Primera Nacional».
En su primer partido por la temporada regular de la Bundesliga, el 25 de agosto de 2012, volvió a anotar en la victoria 3-0 ante el recientemente ascendido Greuther Fürth. Tres días después marca su primer gol en la Liga de Campeones desde el punto de penalti en una victoria por 0-1 ante el LOSC Lille Métropole. La teoría que Joan Gamper se inspiró directamente en los colores de su antiguo equipo suizo a la hora de escoger los del Barça es una de las más razonables y fundadas, camiseta del barcelona pero aun así no hay ninguna prueba documental que lo avale y por otro lado debe cohabitar con muchas más.
