A pesar de la llegada de algunos refuerzos de futbolistas jóvenes y prometedores, como por ejemplo Suso Fernández, (cedido por el Liverpool FC), el equipo parte con una base muy débil, nueva camiseta del barcelona ya que más de la mitad del equipo titular es la base del año anterior en segunda división. Pedro Emanuel confió en los primeros compases de la temporada en muchos jugadores que eran la base de la plantilla en la anterior temporada. Este hecho provocó que el día 4 de noviembre de 2019, y pese a ir el equipo en segunda posición, el club decidiera prescindir de Pedro Emanuel, nombrando al histórico jugador del Real Madrid, José María Gutiérrez «Guti», como nuevo técnico del conjunto almeriensista. Este hecho lleva al equipo rojiblanco a no lograr la victoria durante las primeras 10 jornadas de liga, sin embargo, Francisco Rodríguez es capaz de enderezar la situación y finalmente logra la permanencia más épica de la historia del club, siendo calificada por algunos medios de comunicación como «salvación milagrosa». En aquella campaña, anotaría su gol número 57 convirtiéndose, en aquel momento, en el tercer máximo anotador en la historia de la Champions, seguido de Gerd Müller y Filippo Inzaghi. Tunrer firmó un contrato de larga duración y portará el número 30 en su camiseta.
Fichajes como los de Pozo del Manchester City o Chuli del Real Betis despertaron una gran ilusión en Almería por volver a Primera División, de hecho, el número de abonados fue de 10 832, descendiendo en apenas 200 abonados respecto al año anterior en Primera División. Fue en concreto una cesión por un año, la cual hizo oficial el club almeriensista el día 5 de febrero de 2014, aunque sin embargo, Teerasil llegaría al conjunto de la Costa de Almería el día 9 de junio de ese mismo año. Almería disputó su pretemporada veraniega en el país asiático, en concreto se trató de una gira de 12 días, entre el 28 de julio y el 8 de agosto de 2014. Durante esta gira disputó dos partidos, uno en Bangkok frente al equipo de procedencia de Teerasil, el Muangthong Unitedy y otro en la Isla de Phuket frente al Phuket F.C. El técnico Sergi Barjuan continúa al frente en la temporada 2015-16 como entrenador de la U.D.
Sin embargo, el inicio de la temporada no es el esperado y Sergi Barjuan es destituido como técnico de la U.D. Tras el despido de Francisco Rodríguez toma el mando del primer equipo como entrenador interino Miguel Rivera Mora, quien dirige un único encuentro, tras el cual llega el entrenador Juan Ignacio Martínez que dirige al equipo durante 14 jornadas antes de ser también destituido para contratar al técnico barcelonés Sergi Barjuan, el cual a pesar de unos más que buenos nueve últimos partidos y un notable trabajo, no consigue la permanencia y se confirma el descenso de la U.D. Joan Carrillo permanece al mando del conjunto almeriensista durante 10 partidos en los que no consigue ninguna victoria, tras lo cual es destituido, haciéndose cargo del equipo Miguel Rivera de manera interina hasta la llegada del nuevo entrenador; Néstor Gorosito, un viejo pretendido por el expresidente Alfonso García que no terminó en la U.D.
Tras estos dos encuentros llega el nuevo entrenador; Luis Miguel Ramis, el cual supune una inyección de moral al equipo. Esta decisión es ampliamente protestada y criticada por la afición almeriensista, que muestra su descontento con el expresidentne Alfonso García en los encuentros posteriores al cese del técnico almeriense, mostrándose incluso pancarta de apoyo al entrenador desde el sector de Grada Joven. En enero de 2007, Francisco firmó con los pumas de la Universidad Nacional en el inicio del Clausura 2007. Durante su primer año y medio con el club no se mostró en su mejor nivel, actuando como suplente en gran parte de los encuentros. La segunda temporada con el técnico almeriense Francisco Rodríguez al mando del conjunto almeriensista comienza sin apenas cambios respecto al agónico año anterior. Nuevamente se recurre al técnico del filial Fran Fernández para que se haga cargo del equipo, aunque en está ocasión de forma fija hasta final de temporada, la cual logra salvar no sin apuros, consiguiendo una sufrida permanencia en la última jornada en el Anxo Carro tras el empatar 1-1 contra el CD Lugo. Por su parte, el entrenador Óscar Fernández decidió no continuar al cargo del equipo a pesar de la mejora en el contrato ofrecida por los nuevos propietarios del club.