El 2001, año de su centenario, obtuvo su primer título profesional al ganar el Torneo Clausura de ese año en una definición frente al Estudiantes de Medicina con gol del uruguayo Ernesto Zapata. Un merecido título para una institución que planificó las cosas bien, bajo la batuta de Juvenal Silva, formando un equipo competitivo bien ensamblado en todas sus líneas, imbatibles en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega mostrando un fútbol homogéneo, práctico y contundente, dejando en camino a los mal llamados equipos grandes en ese entonces.
