Las buenas sensaciones del Granada se esfumaron tras caer derrotados por primera vez en el Estadio Nuevo Los Cármenes, en la jornada 14, por 1-2, y ante el Sevilla Atlético. En el año 2003 se produce por fin el regreso del club a la competición, en la Primera Provincial de Almería, categoría en la que se mantiene durante cuatro campañas consecutivas. La primera temporada (2003/2004) empieza con el objetivo del ascenso de categoría, que finalmente no se consigue (a pesar de la reestructuración del fútbol andaluz), suponiendo un golpe moral a la entidad.
