La temporada siguiente también abandonaron el club otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Andoni Goikoetxea, Santi Urkiaga y Luis de la Fuente, y les siguieron un año más tarde Íñigo Liceranzu y Miguel De Andrés. Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid. El ocaso de esta generación de campeones se empezó a fraguar en la temporada 1984-85, con la eliminación de la Copa de Europa a las primeras de cambio a manos del Girondins de Burdeos, la final de Copa perdida ante el Atlético de Madrid o el desilusionante tercer puesto en liga. A pesar del cambio de entrenador, el equipo se hundió más y se pasó la temporada luchando por la salvación, la cual logró concluyendo la liga en 12.ª posición. ↑ a b c d e f g Para efectos comparativos en el número de temporadas se contabilizan únicamente aquellas en las que el jugador estuvo inscrito con ficha del primer equipo. El delantero tiene contrato con el Inter hasta 2023 y llegaría como suplente de Karim Benzema en caso de que se concreten las salidas de Jovic o Mariano.
Durante la temporada 1985-86 surgió un conflicto en el vestuario del Athletic que tuvo como grandes protagonistas al entrenador Javier Clemente y a la estrella del equipo, Manu Sarabia. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos. En marzo, el técnico serbio fue cesado y Amorrortu volvió a hacerse cargo del equipo, que cosechó la peor clasificación de su historia en liga hasta ese momento, acabando en 15.º posición. Arrate cesó a Irureta a mitad de temporada y puso en su lugar a Amorrortu. Luis Fernández fue destituido y su lugar lo ocupó Txetxu Rojo, exjugador que ya militó en el club bilbaíno en la década de los setenta. Curiosamente en el inicio de los años 20, el primer gran acontecimiento deportivista de la época tuvo lugar en Vigo. También cabe mencionar la aportación de Manu Sarabia, un delantero cuya especialidad era el regate, y que es considerado por muchos aficionados como el jugador más talentoso de la época.
Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario. El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA. En la Copa de la UEFA 1997-98 el Athletic había caído en dieciseisavos de final contra el Aston Villa F. C. tras eliminar a la U. C. Sampdoria en la ronda anterior. Al final de la temporada 2002-03, falleció de cáncer el presidente Javier Uría, por lo que el vicepresidente, Ignacio Ugartetxe, tomó el mando de forma temporal.
En el verano de 1990 José Julián Lertxundi fue nombrado nuevo presidente del club, y con él regresó al banquillo Javier Clemente, que casi a final de temporada fue sustituido, de nuevo, por Iñaki Sáez. Esa temporada el Athletic cayó en octavos de final de la Copa de la UEFA a manos del Parma, tras haber eliminado a un rival complicado como el Newcastle. En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco.