En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a una joven promesa del equipo donostiarra, en este caso, Joseba Etxeberria y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Otro de los pilares en abandonar el equipo fue el laureado Dani, que ponía fin a su carrera deportiva tras haber disputado 402 partidos con el club y marcado 199 goles, convirtiéndose en el segundo mayor goleador de la historia del club. En el FIFA World Player son 19 los podios que han conseguido distintos jugadores del club a lo largo de su historia (7 veces primer puesto, 7 veces segundo puesto, y 5 veces tercer puesto). Durante ese tiempo, el equipo se fue renovando poco a poco gracias a nuevos jugadores que subían de la cantera, y que lograban consolidarse; caso de Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, Gurpegui y Yeste.
↑ «El día que Diego Maradona estuvo cerca de fichar con el América». ↑ «VIDEO: A 31 años de aquel histórico calentamiento de Maradona | Goal.com». El Córdoba CF ha tenido un total de 29 presidentes a lo largo de sus 60 años de historia, siendo todos estos españoles, a excepción del actual Abdulla Al-Zain, el cual es de nacionalidad bareiní. El Estadio de los Juegos Mediterráneos ha registrado numerosos llenos a lo largo de su historia. Terminados los años noventa, el Athletic entraba en una nueva década que no depararía nada relevante en la historia del club, siendo una etapa con pocos éxitos y en la que se vivieron varios años difíciles, en los que el club estuvo a punto de descender. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Pero no le fueron bien las cosas al Athletic, ya que en competición europea cayó eliminado en los dieciséisavos de final por la Juventus de Turín y, en la liga, se quedó en un intranscendente 7.º puesto.
El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA. Durante el campeonato marcó 4 veces 4 goles en un mismo partido: ante Banfield en la victoria por 5 a 0, ante Ferro en la victoria por 5 a 1, ante Temperley en la victoria por 5 a 1 y ante Estudiantes en la victoria por 4 a 2. Central finalizó séptimo en el campeonato local y alcanzó las semifinales en la Copa Libertadores donde Kempes hizo 5 goles; uno de ellos fue ante Newell’s (1-0), el 11 de abril, en un encuentro desempate que clasificó a Rosario Central a la ronda semifinal de la copa. En la Copa de la UEFA 1997-98 el Athletic había caído en dieciseisavos de final contra el Aston Villa F. C. tras eliminar a la U. C. Sampdoria en la ronda anterior. La temporada siguiente, el Athletic eliminó al Dinamo Tbilisi en la ronda previa de la Liga de Campeones, sin embargo no logró superar la fase de grupos, acabando en cuarta posición por detrás de Juventus, Galatasaray y Rosenborg.