La temporada siguiente también abandonaron el club otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Andoni Goikoetxea, Santi Urkiaga y Luis de la Fuente, y les siguieron un año más tarde Íñigo Liceranzu y Miguel De Andrés. Para la temporada 1996-97 el Athletic tomó medidas para reconducir la situación del equipo, contratando al entrenador Luis Fernández, e incorporando a la plantilla a los jugadores Imanol Etxeberria e Ismael Urzaiz, que se sumaban al fichaje -un año antes- de Joseba Etxeberria. En la campaña posterior, ya con el entrenador Howard Kendall en el banquillo, el Athletic tiró de cantera para rejuvenecer el equipo subiendo a jugadores como Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Ander Garitano o Urrutia, alcanzando con ello la 4.ª posición y, por consiguiente, clasificándose para la Copa de la UEFA. Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a una joven promesa del equipo donostiarra, en este caso, Joseba Etxeberria y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich. Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario.
También cabe mencionar la aportación de Manu Sarabia, un delantero cuya especialidad era el regate, y que es considerado por muchos aficionados como el jugador más talentoso de la época. Antes de comenzar el Mundial, el pase de Maradona al FC Barcelona ya se había concretado, por lo que en España existía mucha expectativa por el rendimiento del jugador Argentino. El exfutbolista canalla Luis Indaco ofició de veedor, y recomendó la contratación inmediata del jugador. En 1994 José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo a Jon Andoni Goikoetxea del FC Barcelona y a Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta, en sustitución de Jupp Heynckes, que había decidido antes de las elecciones no continuar en el club. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco.
El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en la temporada 1992-93. Con Heynckes el Athletic dio muestras de mejora y logró un 5.º puesto en la campaña 1993-94, que le daba derecho a jugar la próxima Copa de la UEFA. Además, el doblete de Liga y Copa dio al Athletic de forma automática la Supercopa de España. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Pero no le fueron bien las cosas al Athletic, ya que en competición europea cayó eliminado en los dieciséisavos de final por la Juventus de Turín y, en la liga, se quedó en un intranscendente 7.º puesto. El ocaso de esta generación de campeones se empezó a fraguar en la temporada 1984-85, con la eliminación de la Copa de Europa a las primeras de cambio a manos del Girondins de Burdeos, la final de Copa perdida ante el Atlético de Madrid o el desilusionante tercer puesto en liga.
Tras esto, el equipo se hundió y en los tres años posteriores no logró superar el 12.º puesto en liga. Tras esto, el equipo no terminó de funcionar y entró en declive. Tras la desaparición del último equipo campeón, el Athletic se vio inmerso en un periodo de declive que comenzó en la temporada 1986-87, con José Ángel Iribar como técnico. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. A pesar del cambio de entrenador, el equipo se hundió más y se pasó la temporada luchando por la salvación, la cual logró concluyendo la liga en 12.ª posición. Almería, como son el caso de los nuevos productos de merchandising de la temporada 19/20 y 20/21, el canal de Youtube del club, las infografías oficiales de LaLiga, en algunos medios de comunicación e incluso en las equipaciones oficiales del equipo, donde de manera incomprensible el escudo aparece sin su correspondiente borde negro exterior. Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos.