Tal es así que, en 2003, uno de estos jugadores, Tiko, se negó a saltar al campo de El Sadar (con 1-4 a favor) por los insultos de los aficionados rojillos. Posteriormente, en marzo de 2012, los dos clubes se vieron envueltos en una nueva polémica, tras un partido en el que los jugadores del Athletic tuvieron que soportar lanzamientos de objetos por parte de los aficionados navarros, e incluso uno de los jugadores, Andoni Iraola, resultó alcanzado por uno de los objetos, provocándole un pequeño corte en el pómulo. La final fue disputada contra el VfB Stuttgart, en el que jugaba Jürgen Klinsmann, los días 3 y 17 de mayo de 1989. El primer partido lo ganó el Nápoles, en el San Paolo, por 2 a 1, mientras que el segundo finalizó con un empate en tres goles. Unos días después, el traspaso de Álex Berenguer al Torino incluyó una cláusula en la que, en caso de un futuro traspaso al club rojiblanco, el club navarro recibiría una compensación económica de 1’5 millones de euros. En 2008, el Athletic Club fue condenado a pagar cinco millones de euros a la Real Sociedad por el fichaje, en 2005, de Iban Zubiaurre.
El club navarro llegó a romper relaciones con el Athletic, en 2005, por los fichajes de los cadetes Javier Eraso e Isma López, y desde entonces la relación entre estos dos clubes ha sido tensa. Están en edad cadete», aludiendo a anteriores fichajes del club rojiblanco. En junio de 1998, el club navarro se encontraba en una delicada situación económica, por lo que llegó a un acuerdo con el club rojiblanco que duraría cuatro temporadas. También, entre 1993 y 2001 el club rojiblanco estuvo 15 partidos sin ganar. También, han disputado 16 eliminatorias de Copa, habiéndose clasificado cinco veces el equipo vasco por once del equipo catalán. También, han disputado 21 eliminatorias de Copa, habiéndose clasificado diez veces el equipo bilbaíno por once del equipo blanco. En julio de 2017, el club navarro anunció que rompía toda relación o diplomacia con el club bilbaíno tras el pago de la cláusula de rescisión del contrato del futbolista juvenil Jesús Areso por parte del club vasco. El 29 de abril de 1984 el equipo bilbaíno logró una victoria (2-1) en la última jornada de liga, gracias a los goles de Íñigo Liceranzu, que permitieron obtener el título liguero. La última vez que el Athletic disputó un título con alguno de estos equipos, fue en la final de la Supercopa de España de 2021, ganada por el Athletic con un resultado de 3-2 para los vascos.
Por último, en la Supercopa de España el club catalán ha vencido en las ediciones de 1983 y 2009, mientras que en las ediciones de 2015 y 2021, venció el Athletic Club. Muchos acusaron al equipo de vender el torneo, debido a las presiones de quienes manejaban las apuestas clandestinas. ↑ El nombre del equipo combinado se publicó en diferentes revistas y periódicos con varios nombres: Bizcaya, Bizkaya y Vizcaya, si bien el más común y el que utiliza el Athletic Club en sus publicaciones oficiales es el primero. En cuanto a la segunda equipación, el club almeriensista no tiene definidos unos colores identitarios, si bien es cierto que el azul y el negro suelen ser recurrentes en sus segundas vestimentas. », en alusión a la tardanza de estos en devolver los balones al campo con el objetivo de perder tiempo para beneficiar a su equipo, a lo que un directivo del club navarro respondió con sarcasmo «Si quieres, los puedes fichar para el Athletic. Un año después, el Athletic consiguió la que supondría la mayor goleada en campo de la Real, derrotándola por un contundente 1-7; Ignacio Alcorta Cholín fue el encargado de inaugurar el marcador poniendo el 1-0, pero el Athletic con dos tripletes de Guillermo Gorostiza y José Iraragorri, más un gol de Victorio Unamuno, arrolló al equipo donostiarra.
