Esta, comenzaría con la apuesta por Pablo Villa como técnico del primer equipo entrenador después de haber logrado al ascenso con el filial a Segunda B. Sin embargo, en el ecuador de la temporada, y ante la consecución de los malos resultados, se produjo la llegada de Albert Ferrer al banquillo por la destitución de Villa. No obstante, después de un mercado de fichajes en el que piezas importantes del equipo salieron, comenzó la temporada 2016-2017. En esta, a pesar de un comienzo muy prometedor, en el que llegó a encadenar 10 partidos con solo una derrota, el equipo empezó en una dinámica negativa, la cual provocaría la destitución de Oltra por Luis Carrión, técnico del filial. La temporada 2013-2014 sería inolvidable. En la temporada 2012-2013, tras la salida de Paco Jémez al Rayo Vallecano, se designó como entrenador a Rafa Berges, hasta entonces técnico del filial. En el plano deportivo, confió de inicio su proyecto deportivo a Paco Jémez como entrenador y a Juan Luna Eslava como Secretario Técnico.
Para empezar, gran parte de los jugadores que lograron el ascenso salieron del equipo. Se consiguió un 5º puesto bastante sufrido, debido en gran parte a la irregularidad del equipo, que durante gran parte de la primera vuelta del campeonato llegó a estar luchando por el liderato de la clasificación, pero que en la segunda llegó a acumular hasta 8 partidos consecutivos sin ganar en casa. Poco más tarde, en concreto el día 11 de junio de 2021, el proyecto entró en plazo de presentación de ofertas a través del Portal de Contratación Electrónica del Ayuntamiento de Almería y, tras 20 días transcurridos y un único proyecto presentado (el de la U.D Almería), el Estadio de los Juegos Mediterráneos pasó a ser propiedad del club almeriensista, haciéndose oficial el día 9 de agosto de 2021 tras la firma de la concesión del estadio por parte del Ayuntamiento de Almería a la U.D. Pese a ello, camisetas de futbol baratas se superaron con éxito todas estas dificultades consiguiendo salir del concurso en tan solo un año y siendo el único club que ha pagado el 100% del crédito ordinario. En este mismo año se renovó la imagen corporativa del Club, actualizando un escudo que en más de 60 años apenas había evolucionado.
En el año del retorno a Segunda el Córdoba fue dirigido por Paco Jémez, y a sus órdenes el equipo desarrolló un juego muy vistoso, pero el cual no se vio recompensado por la suerte en los minutos finales de los partidos. El partido se fue al tiempo extra, y Pato anotó el gol de la clasificación, pero en los últimos minutos de juego sintió una nueva lesión en el muslo, lo que lo alejaría de las canchas por alrededor de 4 semanas. Debido a las mismas, el 15 de noviembre la Comisión Disciplinaria de la FIFA le prohibió ejercer cualquier actividad relacionada con el fútbol por dos meses y, además, le impuso una multa de 25 000 francos suizos. Practicando un fútbol muy vistoso y con un elenco de jugadores que atravesaban un gran momento (Alberto García, Borja García, López Silva, Charles…), el conjunto blanquiverde consiguió un meritorio 6º puesto tras un empate a cero en Vigo, que le permitió disputar el play-off de ascenso a Primera División. La semifinal, la disputaría contra el Real Murcia, ante el que logró un empate a 0 en la ida en El Nuevo Arcángel, e imponerse por 1-2 en la vuelta en el Estadio de la Nueva Condomina.