En la Liga 1993-94 el Albacete logra conseguir la decimotercera plaza al cosechar 35 puntos, y mantenerse en la máxima categoría del fútbol español. En la temporada 2003-04 el Albacete Balompié milita nuevamente en la Liga de Primera División, contando como entrenador al técnico César Ferrando que había conseguido el ascenso. El fichaje de De Jong no convencía a la afición, pero al final de la temporada dejó cosas positivas tras conquistar a la afición a base de trabajo y una serie de partidos importantes. El «Alba», tras un duro trabajo logra finalizar la competición decimocuarto con 47 puntos, manteniendo la categoría y logrando una media de 15 456 espectadores el Carlos Belmonte. El campo n.º 1, donde el equipo femenino y el Bilbao Athletic disputan sus partidos, dispone de dos tribunas con capacidad para 2000 espectadores en total, y está decorado con el arco del antiguo San Mamés. Al igual que el anterior, toma su nombre del vecino asilo de San Mamés, al que pertenecían los terrenos sobre los que posteriormente se levantó el antiguo estadio. El 27 de noviembre de 2011, el Pato volvió a la alineación titular en el partido contra el Chievo Verona en el Estadio San Siro.
En la campaña 2012-13, el club será encuadrado en el Grupo IV, y logrará la tercera plaza del grupo, lo cual le permitirá acceder a la promoción a Segunda División. Tras el descenso de categoría, el Albacete Balompié se encuadrará en el Grupo I durante la temporada 2011-12, en la que logrará el cuarto puesto, disputando la promoción de ascenso a Segunda División, aunque tras solventar la primera fase, caerá en los penaltis ante el Cádiz C. F.. Será en la siguiente temporada, la 2004-05, cuando el equipo solo consiga sumar 28 puntos del total, insuficientes para mantener la categoría, y que abocarán al club a regresar a la categoría de plata junto con el C.D. Será la siguiente temporada, la Liga 1992-93, cuando el Albacete Balompié entre en crisis y descienda hasta el decimoséptimo puesto de la clasificación, debiendo de defender su plaza en la Primera División frente al R. C. D. Mallorca, club al que vencerá por 1-3 en el encuentro de la ida, y 2-1 en el encuentro disputado en el Estadio Carlos Belmonte.
Pero nuevamente en la siguiente temporada, la 1994-95, el equipo no logra pasar de la decimoséptima plaza de la Liga y debe disputar la promoción por la permanencia ante la U.D. En la siguiente temporada, la Liga 1991-92, la entidad se transforma en Sociedad Anónima Deportiva, en virtud de un Real Decreto aprobado por el Gobierno español, y se cosechan los mejores resultados deportivos en la historia del club, al ser la revelación de la temporada y finalizar en una excelente séptima posición (a 1 punto de entrar en la Copa de la UEFA), que le valdrá el apelativo del «Queso Mecánico». Tras cosechar unos excelentes resultados en las temporadas siguientes, será en la campaña 1984-85 cuando, de la mano de Julián Rubio, entrenador de la tierra, cuando se consiga el subcampeonato de la categoría y el triunfo como campeón en la Copa de la Liga de Segunda División B dentro del Grupo II (triunfo que también consiguió en la temporada anterior). La temporada 1959-60 comenzó con el fichaje de Billy Bremner quien permanecería en el club hasta 1976, sin embargo el equipo volvió a descender de categoría. Nuevamente en junio de 2013 Andrés Iniesta evita el descenso de categoría del club al adelantar los 240.000 euros que el club adeudaba a los jugadores.